De gedeserteerde militair Knight staat niet alleen in zijn strijd. Hij verzamelt een legertje van boze boeren, ontsnapte slaven, oorlogsweduwes en andere deserteurs, die de wapens oppakken en een vuist maken tegen de gezaghebbers van de zuidelijke staten. Ze stichten de Free State of Jones, maar natuurlijk kan een gewapende strijd niet uitblijven.
Waargebeurd
Het verhaal van Free State of Jones is gebaseerd op historische feiten. De gebeurtenissen in het Mississippi van tijdens de Burgeroorlog worden afgewisseld met rechtbankscènes die in het heden spelen. Hierin staat een afstammeling van Knight centraal, die zich moet verantwoordelijk voor zijn huwelijk met een blanke vrouw terwijl hij zelf mogelijk deels 'zwart bloed' heeft.