Het mysterie van vlucht 828 is nog altijd niet ontrafeld, maar wie weet verandert dat in dit derde seizoen van Manifest. Zo vinden Ben en Vance op Cuba de staart van het vliegtuig. Die blijkt magische krachten te hebben.
Ben en Vance gaan op pad om een aanwijzing te zoeken om het mysterie van vlucht 828 te ontrafelen. Michaela en Zeke helpen een jonge vrouw uit een gevaarlijke situatie. Saanvi probeert haar zonden uit het verleden te vergeten door aan een nieuw hoofdstuk te beginnen. Jareds interesse wordt gewekt door een interessante vreemdeling.