In de nieuwe Net 5-serie Alcatraz jaagt de politie op een groep criminelen die in 1963 spoorloos is verdwenen. Ze zaten vast in de strengst bewaakte gevangenis van Amerika en duiken nu één voor één weer op in San Francisco.
De gevangene zien er echter precies zo uit als toen ze vijftig jaar geleden verdwenen en zijn nog even misdadig. Alsof de tijd voor deze mannen heeft stilgestaan. Wat is er gebeurd in de beruchte vesting op het eiland, bekend uit de ontsnappingsfilm met Clint Eastwood? In de eerste aflevering vermoordt een oud-gevangene de voormalige onderdirecteur van de bajes. Rechercheur Rebecca Madsen (Sarah Jones) en FBI-agent Emerson Hauser (Sam Neill) gaan achter hem aan.